- Name of course:
- Biologia systemów
- Coordinator of course:
- dr Małgorzata Adamczyk
- Type of course:
- Compulsory
- Level of education:
- Second cycle studies
- Programme:
- Biotechnologia
- Group of courses:
- Obowiązkowe
- Code of course:
- -
- Nominal semester:
- 2 / AY 2019/2020
- Number of ECTS credits:
- 2
- Number of hours of student’s work to achieve learning outcomes:
- -
- Number of ECTS credits on the course with direct participation of academic teacher:
- -
- Language of course:
- polish
- Number of ECTS credits on practical activities on the course:
- -
- Form of didactic studies and number of hours per semester:
-
- Lecture15h
- Exercise type of course0h
- Laboratory0h
- Project type of course15h
- Computer lessons0h
- Preliminary requirements:
- -
- Limit of students:
- -
- Purpose of course:
- Celem zajęć jest zapoznanie studentów z koncepcją podejścia biologii systemowej w badaniach z wykorzystaniem replik procesów biologicznych in silico.
- Contents of education:
- Biologia systemów jest odpowiedzią na konieczność badania procesów biologicznych nie jako izolowanych, fragmentarycznych zjawisk, lecz całościowo poprzez skonsolidowanie wszystkich właściwości systemu, jakim jest żywa komórka. Wykład zawiera informacje o najnowszych zdobyczach technologicznych ostatnich lat, które umożliwiły wysokoprzepustowe globalne, ilościowe i jakościowe analizy genomiczne, transkryptomiczne, proteomiczne oraz metabolomiczne. Przedstawione zostaną rodzaje danych używane w modelowaniu komputerowym oraz konstrukcja modeli na użytek analizy sieci regulacji transkrypcyjne, przekazywania sygnałów komórkowych i ścieżek metabolicznych. Omówione zostaną modele statyczne, kinetyczne i modele na skalę genomową wraz z ich zastosowaniem. Studenci zapoznają się z przykładowym oprogramowaniem wykorzystywanym do modelowania. Zostaną omówione komponenty modeli oraz przedstawiona matematyczna reprezentacji systemów biologicznych. Zajęcia laboratoryjne bedą okazją do skorzystania z baz danych modeli, jak również ich analizy modeli, diagnostyki stabilności i przeprowadzenia symulacji komputerowych. Wykład zawiera informacje na temat roli biologii systemowej w modelowaniu chorób metabolicznych człowieka, w inżynierii metabolicznej mikroorganizmów, wspomaganej biologią systetyczną, na użytek różnych gałęzi biotechnologii.
- Methods of evaluation:
- Do zaliczenia przedmiotu wymagane jest uzyskanie 50% z egzaminu teoretycznego i 50% z testu praktycznego
- Exam:
- no
- Literature:
- E.O. Voit A first course in systems biology, 2013 Garland Science
E. Klipp Systems Biology, A Textbook, 2009, Wiley-VCH
B.O. Palsson, Systems Biology. Properties of reconstructed networks, 2008, Cambridge University Press
iGEM Warsaw Team, Biologia Syntetyczna- mozliwości i wyzwania, Wydawnictwo Uniwersytet Warszawski, 2015
oraz najnowsze publikacje.
- Website of the course:
- -
- Notes:
- -
Effects of education
General academic profile - knowledge
- Charakterystyka W01
-
Verification:
Field of study related learning outcomes:
K_W09
Area of study related learning outcomes:
- Charakterystyka W02
-
Verification:
Field of study related learning outcomes:
K_W03
Area of study related learning outcomes:
General academic profile - skils
- Charakterystyka U01
-
Verification:
Field of study related learning outcomes:
K_U01
Area of study related learning outcomes:
- Charakterystyka U02
-
Verification:
Field of study related learning outcomes:
K_U03
Area of study related learning outcomes:
- Charakterystyka U03
-
Verification:
Field of study related learning outcomes:
K_U07
Area of study related learning outcomes:
General academic profile - social competences
- Charakterystyka K01
-
Verification:
Field of study related learning outcomes:
K_K02
Area of study related learning outcomes: